2008年11月19日星期三

生命的源头


非凡的发现总会催生特别的举动。詹姆斯·沃森(James Watson)曾谈到,他和弗朗西斯·克里克(Francis Crick)发现DNA结构之后,“克里克立马冲进老鹰酒吧(Eagle Pub),告诉在场的每一个人,我们揭开了生命之谜”。当然,DNA分子的双螺旋结构太优美了,克里克再怎么激动都不算过分。大自然用4种碱基编写的遗传语言,恰到好处地存储在DNA上,并一代一代传递下去。

遗传信息储存在两条互补的DNA长链中,知道一条链的碱基组成,就能推断出另一条链的组成。这样的安排向人们暗示了一种精密的复制机理:复制时,相互缠绕的两条DNA链彼此分离,携带碱基的DNA模块(即核苷酸)分别沿着一条DNA链依次排列,相互连接起来。就这样,一个双螺旋结构最终变成了两个,每一个复制品都与原始模板一模一样。

在DNA双螺旋结构的启发下,科学家解答了一系列关于细胞如何发挥功能的问题,这些认识也激发了人们对生命起源的思索。对于生命的定义,人们提出了很多种说法,1946年诺贝尔生理学或医学奖得主穆勒(H. J. Muller)曾经写道,基因是“一种生命物质,是最初生命形式在现代生物中的体现”,而卡尔·萨根(Carl Sagan)则将“最初的生命”设想为“裸露于低浓度有机物溶液中的、自由的原始基因”(这里提到的“有机物”,是指含有束缚碳原子的化合物,既包括生物体内的碳化合物,也包括与生物体无关的碳化合物)。穆勒与NASA(美国航空航天局)对生命的定义最为相似:生命体是一个自给自足、能够进行达尔文式进化的化学系统。

著名科学家理查德·道金斯(Richard Dawkins)在著作《自私的基因》(The Selfish Gene)中,详细描述了最初的生命体:“在某一时刻,一个非同寻常的分子偶然形成,我们叫它复制因子(replicator)。与周围的分子相比,它也许不算最大或最复杂,却具有一种非凡的能力,那就是自我复制。”道金斯写下这番话是在30年前,当时,DNA被认为是最有可能扮演这个角色的候选分子,后来,又有研究人员提出了其他可能作为复制因子的分子。但我和其他一些科学家却认为,这个“复制因子起源说”存在根本性的漏洞,我们更愿意将赞成票投给另一种看起来更合理的假说。
生命起源于RNA?
科学家认定生命起源于RNA,因为它能独力执行今天的RNA、DNA和蛋白质共同承担的人物。然而,这个观点却又一个明显的漏洞……

DNA起源学说刚一提出,质疑就接踵而至。DNA复制需要多种蛋白质的协助才能完成,而在化学组成上,蛋白质与DNA是两种截然不同的大分子。虽然它们都是多个单元组成的长链分子,但DNA由核苷酸组成,蛋白质的基本单元则是氨基酸。蛋白质是细胞内的“勤杂工”,其中,酶是人们最为熟悉的蛋白质,它们能加速生化反应的进行。假如没有酶,生化反应的速度将变得非常缓慢,从而无法发挥应有的作用。另一方面,细胞需要的蛋白质又是根据DNA携带的信息合成出来的。

DNA与蛋白质的关系会让人想起一个古老的谜题:先有鸡还是先有蛋?DNA携带着合成蛋白质的指令,但如果没有蛋白质的协助,生物又无法读取和复制这些指令。那么,到底谁先出现,DNA(鸡)还是蛋白质(蛋)?

当人们把注意力转向第3种大分子——RNA时,答案似乎清晰了。RNA具有多种功能,它和DNA一样,都由核苷酸构成,但在细胞中扮演着多种角色。一些RNA能将遗传信息从DNA传递到核糖体(细胞内合成蛋白质的结构,它的主要成分是蛋白质和一种RNA);在执行不同任务时,RNA既可形成DNA那样的双螺旋结构,也能呈现蛋白质那样的单链折叠结构。

20世纪80年代初,科学家发现了核酶(ribozyme)。核酶由RNA构成,却具有酶蛋白的功能。“鸡与蛋”这个千古谜题似乎水落石出:生命起源于第一个能够自我复制的RNA分子。1986年,在一篇发表于《自然》杂志的原创论文中,1980年诺贝尔化学奖得主沃尔特·吉尔伯特(Walter Gilbert)写道:“我们可以设想一个RNA世界:在这个世界中,只存在能够催化自身合成的RNA分子……当RNA开始催化核苷酸合成新的RNA时,进化的第一步便启动了。”第一个能够自我复制的RNA分子产生于非生命物质,当初它独力执行的多种功能,现在则由RNA、DNA和蛋白质共同承担。

在进化过程中,RNA先于蛋白质和DNA出现的设想,得到了许多证据的支持。在酶的催化反应中,很多名为辅助因子(co-factor)的小分子发挥着重要作用,它们通常会携带一个没有明显功能的RNA核苷酸。这样的结构被认为是“分子化石”,也就是远古时代留下的遗迹。当时,世界上还没有DNA和蛋白质,RNA掌控着整个生物化学世界。

然而,根据上述以及其他一些线索,我们只知道RNA先于DNA及蛋白质出现,对于生命到底如何起源,还是一无所知。因为在RNA世界之前,也许还有其他生命形式主宰过世界。很多科学家用“RNA世界”笼统地概括了两种观点,很容易让人混淆。在这里,我用“RNA起源说”指代那些认为生命起源于RNA的观点,以便区别于另一种观点:RNA只是一种先于DNA和蛋白质出现的分子。
“RNA”的漏洞
结构越复杂,在原始条件下自发形成的几率也就越低。与只含有几个原子的小分子相比,RNA显然是太大了。

RNA起源说存在一个难以弥补的漏洞:第一个能够自我复制的RNA分子是怎样产生的?吉尔伯特的假说认为,RNA产生于一锅无生命的“核苷酸汤”,这一点很难自圆其说。

RNA的组成单元——核苷酸是一种复杂的有机分子。每个核苷酸含有一个糖基、一个磷酸基以及4种含氮碱基中的一个。因此,每个RNA核苷酸就含有9~10个碳原子、多个氮氧原子以及一个磷酸基团,所有原子彼此相连,形成一个精确的立体结构。这些原子可以有多种连接模式,从而形成数千种可能的核苷酸。理论上,这些核苷酸应该可以取代现有的4种RNA核苷酸,但事实上,它们从未在RNA的结构中出现过。同时,与几十万乃至数百万种稳定的、大小相似的非核苷酸有机分子相比,形成RNA核苷酸的可能性就更显得微乎其微了。

尽管如此,有一种观点认为,适当的核苷酸最终还是形成了。这种观点的产生与一个著名的实验有关。1953年,斯坦利·L·米勒(Stanley L. Miller)发表文章说,为了模拟早期地球的大气环境,他简单地配置了气体混合物,并施以火花放电。在检查实验结果时,米勒兴奋地发现了氨基酸的存在。1969年,一颗陨石(默奇森陨石,Murchison meteorite)坠落在澳大利亚,科学家在陨石上也发现了氨基酸。显然,对于组成生命的成分,大自然的供给是十分慷慨的。根据这些研究结果,一些论文的作者推断,所有的生命组分都能够轻易地在米勒式的实验中形成,也能在陨石中找到。

但事实并非如此。在米勒实验中生成的氨基酸,结构远不及核苷酸复杂。氨基酸的结构特征是,一个氨基(-NH2)和一个羧基(-COOH)连接在同一个碳原子上。在组成蛋白质的20种天然氨基酸中,最简单的氨基酸含有两个碳原子,但大部分氨基酸的碳原子都有6个左右。在米勒实验中,所生成的氨基酸及其他物质,大部分只含两三个碳原子。显而易见,在自然界中,含有较少碳原子的分子更容易形成。到目前为止,还没有任何报道显示,在火花放电实验中有核苷酸生成,或在陨石中发现核苷酸。看来,自然界并未对核苷酸表现出特别的偏好,而为它的生成提供便利,尽管它是生命所必需的。

为了弥补RNA起源说的致命缺陷,支持者创立了一门新的学科——“前生物合成”(prebiotic synthesis)。他们试图证明,在实验室中,利用相关条件和起始材料,通过一系列精准控制的反应,能够制备出RNA及核苷酸。

我深入研究了前生物合成。对于其中存在的问题,我们可以通过以下的比喻来说明。一个高尔夫球员依次将球打进18个洞以后,球穿越了整个球场。然后他提出假设:我不击球,它也能够自己穿越球场。他解释了这种情形发生的可能性:只要时间允许,在某些自然力(例如地震、风以及洪水)的作用下,高尔夫球也能进洞、穿越球场。RNA的自发形成与此类似,不需要违反任何物理规律,然而,阻碍RNA形成的几率却是无限大。

一些化学家提出,一种与RNA类似、但更简单的复制因子首先形成,统治着RNA之前的世界,而且第一个复制因子可能具有RNA的催化能力。但到目前为止,生物学家都没有发现假想中的原始复制因子以及催化分子,因此,RNA的所有功能,肯定是在RNA形成之后才完全拥有的。

此外,不论是核苷酸还是更简单的有机分子,即使各种生命组件都在地球上存在过,它们也很难自发组装成复制因子。在这种情况下,有无合适的条件形成生命组件就显得无关紧要了。让我们假设一下,在有利条件下,生命组件以某种方式组装起来。但与此同时,一大堆有“瑕疵”的组件也会组装进去,这样形成的长链分子必然无法发挥复制因子的功能。举例来说,组件上最简单的“瑕疵”,可能是缺少一条用来连接其他组件的“胳膊”——如果分子链要继续延长,每一个组件都得有两条“胳膊”才行。

自然界是公平的,从理论上讲,各种组件会随机结合,产生多种多样的短链分子,具有统一几何骨架、拥有自我复制及催化功能的长链分子则很难形成。长链分子的生成几率是如此之低,以至于在世界任何地方,生成任何一个长链分子,都可能是受到了上天的特别眷顾。

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